Bruno tem oito anos e não sabe nada sobre o Holocausto e a solução final contra os judeus. Também não faz ideia que seu país está em guerra com boa parte da Europa, e muito menos que sua família está envolvida no conflito. Na verdade, Bruno sabe apenas que foi obrigado a abandonar a espaçosa casa em que vivia em Berlin e a mudar-se para uma região desolada, onde ele não tem ninguém para brincar nem nada para fazer.
Bruno vê a vida com muita alegria, nunca passou nenhum tipo de necessidade material ou afetiva, estava sempre rodeado de várias pessoas que sempre o davam muita atenção. Da janela de seu quarto, pode-se ver uma cerca, e para além dela centenas de pessoas de pijama, que sempre o deixam com frio na barriga.
Em uma de suas explorações ele encontra um menino judeu, Shmuel, que vive do doutro lado da cerca. Todos os dias, então, passam a encontrar-se e conversam muito, constroem uma amizade linda e muito verdadeira. Bruno não tendo a mínima noção do que acontece no campo, questiona-se por não poder brincarem juntos e visitarem a casa um do outro. Shmuel parece ser um pouco mais consciente da situação, mas como um menino de 8 anos, não a entende perfeitamente.
o menino do pijama listrado é uma fábula sobre amizade em tempos de guerra, e sobre o que acontece quando a inocência é colocada diante de um monstro terrível e inimaginável.